در قرن چهارم و پنجم، علاوه بر تفسیر شیخ مفید، شریف رضی، سید مرتضی، تفسیر شیخ طوسی به نام «تبیان» نخستین تفسیر جامع شیعی است که به روش اجتهادی به رشته تحریر درآمد.

قرن چهارم و پنجم؛ دوره شکوفائی دانش مسلمانان است. در این دوره دانش مسلمانان بیش از پیش شکوفا گشته و در رشته‏های گوناگون آثار زیادی را به رشته تحریر در آوردند که یکی از آنها رشته تفسیر است.
پس از پشت‏سر گذاشتن چالشهای فرهنگی و فکری در قرن چهارم و روی کار آمدن دولتهای شیعی مانند فاطمیون و حمدانیان و آل بویه و...؛ و در نتیجه برخورداری شیعیان از آزادی اجتماعی و سیاسی و برداشته شدن محدودیتهای علمی، شیعیان فرصتی را که پیش آمده بود، غنیمت شمرده و به نشر علوم؛ از جمله علوم قرآن و تفسیر پرداختند که ذیلاً اشاره می‏شود:

تفسیر «علی بن ابراهیم قمی» (متوفی 307) که از مفسران شیعه می‏باشد وکتابهای متعددی دارد از جمله آنها می‏باشد(1).
برخی از علمای شیعه معتقدند؛ تمامی تفسیری که منسوب به علی بن ابراهیم قمی است و بارها چاپ شده، از آنِ «علی بن ابراهیم» نیست، بلکه تلفیقی از آن چیزی است که او به شاگردش املاء کرده و او نیز با سند خاص از «ابی الجارود» روایت کرده که او نیز از امام باقر علیه‏السلام نقل می‏کند(2).
اما «ابی الجارود»؛ چنانکه «آیت‏الله جعفر سبحانی» از رجال کشّی نقل می‏کنند، روایاتی در ذمّ او وارد شده و زیدی مذهب است. البته غیر از احادیثی که صدوق قدس‏سره نقل می‏کند که او به مذهب حقّ برگشته(3).
البته طبق نوشته مرحوم «آقا بزرگ تهرانی»، تمامی کتاب موجود نمی‏تواند از آنِ خود علی بن ابراهیم باشد(4).
تفسیر «فرات کوفی» و تفسیر «عیّاشی» نیز از جمله تفاسیر شیعه است. ظاهرا عیّاشی قبلاً تابع اهل سنت بوده بعدها به مذهب حقّه تشیّع تشرّف پیدا کرده و در اثر تبحّرش در علوم گوناگون از قبیل: فقه، حدیث، طب، نجوم و قیافه و... یکی از اسطوانه‏های علم و یکی از علمای مبرّز شیعه بشمار رفته است(5).
تفسیر «نعمانی»(متوفای حدودا 324) که از شاگردان شیخ کلینی است، از جمله این تفسیرها است.
البته لازم به ذکر است که اکثر تفاسیر این دوره تفسیرهایی هستند که متأثّر از قول‏صحابه و به صورت نقل از آنها است. مفسرانی مانند: قتاده و مقاتل بن سلیمان و ... از جمله کسانی هستند که در تفسیر خود از صحابه مانند: ابن عباس و ابن مسعود و «اُبیّ‏بن کعب» و دیگران نقل کرده‏اند.
در قرن پنجم با راه یافتن فلسفه یونان به جهان اسلام، علوم گوناگونی در میان مسلمانان رواج پیدا می‏کند. اعم از فقه و لغت و ادب و ... که در اثر برخورد دانشها، و ترجمه اهمّ علوم دیگر ملل جهان به عربی، فصل جدیدی از علوم مختلف به روی مسلمانان باز می‏شود.
«جرجی زیدان» می‏گوید:
«این سده عصر طلائی اسلام است، حکومت مسلمانان در این سده با ثروت و تمدن و سیادت به قله عظمت خود رسیده و بیشتر علوم اسلامی نضج گرفته و مهم‏ترین دانشهای دیگران به عربی ترجمه شده است»(1).
«شیخ مفید» نیز تفسیری به نام «کتاب البیان فی أنواع علوم القرآن»(2) داشته است.
در این دوره علاوه بر تفسیر شریف رضی(3) و سید مرتضی(4)، تفسیر «شیخ طوسی»(ت385 - م 460هـ ق)(5)، به نام «تبیان». نخستین تفسیر جامع شیعی است که به روش اجتهادی به رشته تحریر درآمده. مرحوم شیخ طوسی نقل تنها را در تفسیر کافی نمی‏داند زیرا که او شاگرد دو نفر از دانشمندان بزرگ عالَم شیعه یعنی «شیخ مفید» و «سید مرتضی علم‏الهدی» است که آنها در بحث‏های کلامی و عقلی و اجتهادی بی‏نظیر بودند.
مرحوم «شیخ طوسی» مباحث گوناگون قرآنی از قبیل: مباحث کلامی و اقوال و قصص و ... قرآن را مورد بررسی قرار داده و تجزیه و تحلیل کرده است.

پس از استقلال تفسیر از حدیث در قرن سوم و چهارم، با پیشرفت علمی چشمگیری که علمای اسلام بالخصوص شیعه داشتند، در این دوره(قرن 5 و 6)، مفسران شیعه؛ به تفسیر اجتهادی روی آوردند، تفسیری که براساس تفسیر قرآن به قرآن و با استفاده از لغت و قواعد ادبی و عربی بنا نهادند. و این راه را خود ائمه فراروی اصحاب و شیعیان قرار دادند و به آنان آموختند که چگونه در آیات قرآن تدبّر و تفکّر کنند. لذا در قرن پنجم و ششم تفسیرهائی مانند: «مجمع‏البیان»، «جوامع‏الجامع» «مرحوم طبرسی» نوشته شد که از مهم‏ترین تفاسیر اسلامی و ثمره همین پیشرفت علمی مسلمانان می‏باشد.
دکتر «محمد حسین ذهبی» درباره تفسیر «مجمع‏البیان» می‏نویسد:
«تفسیر کبیر «مجمع‏البیان» بیانی کافی و دلیلی وافی است بر جامعیت آن از جهت فضل و کمال»(1).
تفسیر «روض الجِنان و رَوح الجَنان»، اثر حسین بن علی خزاعی نیشابوری مشهور به «ابوالفتوح رازی» (م552) نیز از تفاسیر قرن ششم است.
تفسیر «فقه‏القرآن» معروف به «شرح آیات‏الأحکام». اثر «قطب‏الدین راوندی»(م573) را نیز باید از تفاسیر این قرن بشمار آورد. «راوندی» از شاگردان «شیخ طوسی» می‏باشد و تألیفات متعددی دارد و از آثار معروف وی «اسباب النزول» و «خلاصة‏التفاسیر» است که شامل دقائق علوم قرآنی می‏باشد(2).

این سه قرن(7 و 8 و 9) قرنهای عقب‏افتادگی و اُفت مسلمانان در علم بشمار می‏رود و در واقع در این قرنها صدماتی که به فرهنگ و تمدن اسلامی وارد شده است، هیچگاه فراموش نمی‏شود. در این قرنها شیعیان هیچگونه ابتکاری در تفسیر ندارند.
علت این افول و انحطاط، تعصّبات بی‏جا و اختلافات مذهبی و هجوم به خانه و کاشانه و کتابخانه‏های عالمان شیعه مانند «شیخ مفید» و «شیخ طوسی» و سوزاندن کتابهای آنان از یک طرف و حمله مغول و جنگهای صلیبی و ویران ساختن تمدن اسلامی از طرف دیگر است. در یک عبارت کوتاه می‏توان گفت: «در این سه قرن دوران افول تفسیر بوده است».